简介

NCBI数据库

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

三大数据库之一，美国（另外两个在欧洲EMBL和日本DDBJ）

BLAST 序列比对

Genome 基因组

SNP 单核苷酸多态

💡

多态不等于突变，我们关注外显子，人和人很多不同，但是不影响功能。

一些背景知识：

生物信息学（Bioinformatics）主要研究核酸序列、蛋白质序列

非编码RNA可以调控（通过干绕RNA，可以沉默基因表达）

蛋白质结构预测：X射线，电镜

Mus 小鼠 Homo sapiens人类 Rattus 大鼠

核酸序列

以人类TBX5为例

上面有一些简介，如编码基因，主要在心脏、胎盘，等

Location，是在染色体的位置，q代表染色体长臂（p是断臂）

See TBX5 in Genome Data Viewer Location: 12q24.21

Exon count: 10代表外显子的数量

从这里可以看的蛋白质序列等

DNA序列最长，蛋白质序列最短（不是三倍关系）

即使是成熟mRNA，也不是三倍关系，原因如下

（不同转录本？）

图. pre-mRNA变为mRNA的过程

在出细胞核的时候剪切内含子

5’和3’UTR，虽然是外显子，但是属于非翻译区

全基因组序列

bp是碱基对的意思，蓝框最后更新时间

黄框FASTA是通用的格式，要用这个

从大于号>开始，都要复制

NM是mRNA序列，NP是蛋白质序列

下载序列的时候都是去找FASTA

蛋白质可以找这个，链接到别的网站

起始密码子翻译甲硫氨酸

终止密码子有三种（但是记住没用）

所以并不是三倍关系，518*3=1557-3

这里按照ATCG写的，没有U

分清关系：CDS序列，编码序列，开放阅读框架ORF，UTR

Gene Table

红色为UTR区域，蓝色差3个，说明有3个不参与表达，黄色为两两外显子之间的内含子

可以用于找第X个外显子的表达（？）点进去能下载

另一个数据库 Ensembl

Ensembl genome browser 111

Analyse your own variants and predict the functional consequences of known and unknown variants

http://www.ensembl.org/index.html

有人类、小鼠、斑马鱼（透明，可以观察器官）等序列

BRCA1/2：乳腺癌相关

外显子，非编码

外显子，编码

内含子

上面还有那个Gene tree，有个图，能看相近的物种

蛋白序列

UniProt

https://www.uniprot.org/

Download为FASTA格式

sp，意思来自于swiss-prot

Q开头的，是这个数据库中的ID号

人类TBox转录因子

物种

PE，蛋白质序列的可信度，1是最高，最大5，可信度低

SV，版本

💡

左侧Swiss-Prot为人工鉴定，可信度高右侧TrEMBL为计算机预测，可信度低，可供参考

左侧目录：

表达，相关RNA等

相互作用

蛋白质三维结构

实验报告：

Ex Report

2736.9KB

🚧

Warning: 论文施工现场

📝 今天整点LaTeX

（嗯用了几天latex，突然好不习惯）

1. 序

在之前我曾经接触过两次latex，第一次是帮hy排版一个算法——不得不说，latex里面写这个算法是非常方便的；第二次就是在自己的论文里了，当时写算法，就自己学习+gpt硬排出来（然后截屏放word里了）。最终这篇文章要投，还是选择乖乖全文使用latex了。

入门看的是这个视频：

本文记录的大部分知识也都来自或者延申于这位学姐

Elsevier论文LaTeX写作零基础教学_哔哩哔哩_bilibili

-, 视频播放量 9318、弹幕量 8、点赞数 397、投硬币枚数 349、收藏人数 978、转发人数 84, 视频作者努力科研的树莓酱, 作者简介努力科研搬砖！，相关视频：8分钟入门 Overleaf & Latex，elsevier 爱思唯尔投论文LaTeX论文教学，【喜中二区水刊】喜欢爱思唯尔的排版捏！，三分钟学会论文效率王者LaTex！傻瓜操作学不会我帮你写论文！，爱思唯尔(Elsevier)投稿latex格式手稿的注意事项及编译乱码的处理，LaTeX使用教学，LaTeX 从入门到够用（1）为什么应该用它写论文，一篇SCI二区的诞生（下）写作篇，四大国际权威学术期刊出版商：Springer,Elsevier,Wiley和Taylor & Francis，哪家不需通讯作者同意即可完成投稿？，Overleaf教程+Latex教程

https://www.bilibili.com/video/BV1ku4y1X7Rz/?share_source=copy_web&vd_source=0730a6d6ff309dd37906a14117516e8c

我这次投的刊是爱思唯尔的，之前虽然听说这个模板不如IEEE的好用，实际上自己感觉还是没啥区别

这个视频算是比较够用了，包含各种基础的组件，如果再有需要，请gpt出山吧（

2.LaTeX知识点✍️

2.1 模板

首先是文件的处理，爱思唯尔有自己的模板，流程如下：

1.搜索期刊，进入主页，选择Guide for authors

2.左侧找到New submission，右侧下拉找到latex部分，就能看到一个链接，说指向”最新的类“

3.进入并下载

4.导入到编译器，例如overleaf，这时候有很多文件，可以看一下README文件，有详细的说明。但是总结出来大概就是：

doc文件夹是给的一堆示例，全部删掉

thumbnails文件夹是一堆图标，可以删

sty, cls, bst是配置文件，后续要从这里改，不能删（但是bst文件没动过，是另外两个经常删改）

tex是latex的源文件，有两个，README文件说明了，sc是单列的，dc是双列的（double column吧）看看别人用单列还是双列，留一个即可

bib是引用的文件，保留

manifest，看不懂，删了（没影响）

README，看过了，删掉

然后到现在，这里就比较清净了，可以开始使用了（然而文内还要删改很多）

2.2 首页修改

首先是一堆包：（记不住，都塞上去得了）

然后是作者部分，爱思唯尔给出的模板东西很多，包含各种信息，但是看了几篇文章，并没有那么多乱七八糟的，精简为以下：

\author[1]{My Name}里的”1“，对应下面的\affiliation[1]

同理，\author[th]就对应\affiliation[th]里的信息,这样每个单位写一次就行

\fnmark[1]可以在后面进行说明：

然后就会出现一个脚标，内容如上，可以用来标记共一

如果是通讯作者，或者有多个单位，可以这样：

\author[1,2]就能表示两个单位，会自动标记为角标a,b（3对应c）

通讯作者在名字后面加上\corref，里面的索引cor1对应下面的\cortext[cor1]，里面是内容

后面貌似没什么了，abstract正常写即可，然后是爱思唯尔独有的一个，叫highlights，这个东西会放在首页之前（单独一页），需要写3-5个亮点，每个不超过85词（这个刊是），然后关键词，用\sep分开

然后首页会有一些不想要的东西，例如它最下面会显示ORCID，或者是预印本等信息，我采取的方法是去各个文件里搜索关键词，然后注释掉，这样首页就干净了，基本上是在.sty文件里修改

最后\maketitle（模板里的），正文之前就算完成了！

2.3 正文文字

在开头的视频里，提到一个非常不错的方法，那就是在前期，把文章分成多个文件

具体做法就是在主文件里写\input{文件名}即可，相当于import

这个方法实在是太好用了，尤其是在多人合作的时候，分工明确，不容易乱，否则全放在主文件中，免不了相互干绕

空行相当于回车，这样比较好理解：

这样的话，有一个空行就是分段；有两个空行，才是两段之间有一行空行

还有一些常用的指令，例如\textbf是加粗，\textit是倾斜，一些符号例如\times是乘号

%用于注释，如果想写”准确率为99%“，在latex里要写成”准确率为99\%“，加一个反斜杠转义符

具体用的时候直接搜也行

字体的话，在前面的包里进行了设置，调用之后需要从sty和cls文件修改相关内容，例如：

这个是cls文件里的

2.4 各种引用（重要！！！）✨

这是latex最方便、最重头的一个机制，那就是各种引用

在发表的论文当中，有很多引用，例如[1]，点一下就能跳转到最后的References

即使是在正文里，也经常有Table 1.这种，点击一下跳转到对应表格的操作

干货：

引用文献用\cite{}

表格和图片用\autoref{}

就这么简单（

再来具体说一下各自的操作：

1.引用文献

引用之前，在主文件里改一下设置

找文献和引用建议谷歌学术，搜索然后直接cite

然后在在bib文件里，粘贴需要的文献的bibtex

在这里，第一行有一个@article{XXX,…

这里红色的XXX就是这个文献的”key“，一般使用作者名字

最后是在文内引用，我这里就是\cite{M.Arbyn}：

这样就可以了

2.表格

表格是latex里最大的挑战，没有之一

具体原因：1，图像可以上传，然后直接调用，表格不行，需要以latex的逻辑，作为文字输入；2，表格的位置是自适应的，latex会自己调整，但是很难调整到自己如意的格式，需要反复调整

经过调整，这两套代码格式效果都还可以：

最方便的是这个工具网站👇：

Create LaTeX tables online – TablesGenerator.com

Easily create even complex LaTeX tables with our online generator – you can paste data from a spreadsheet, merge cells, edit borders and more.

https://www.tablesgenerator.com/

输入表格数据，然后generate，复制即可

最上面菜单可以居中、加粗、倾斜，合并/拆分单元格、加/删边框，非常方便

\begin{table*}也是一个选择，他会强制把表格变成横跨整页的样试（尽管文章是两栏）

具体细节：

表格引用方式和文献一样，不过表格的格式一般是tab:XXX，在文内表现为这样：

说回位置选项（\begin{table}[htbp]%这里是位置选项）

问一问神奇的gpt吧！（太长了我不想写

在 LaTeX 中，\begin{table}[htbp] 是用于创建表格的环境，而 [htbp] 是一个可选参数，用于指定表格的放置位置（placement specifier）。这些字母代表 LaTeX 中表格和图形的浮动定位，具体含义如下：

h (here)：放置在正文文本中给出表格环境的精确位置。

t (top)：放置在页面顶部。

b (bottom)：放置在页面底部。

p (page of floats)：放置在专门用于浮动体的页面上。

当你给出 [htbp] 作为参数时，你实际上是在告诉 LaTeX 按照你给出的顺序尝试这些位置。LaTeX 会首先尝试将表格放在当前位置（h），如果不行，它会尝试放在页面顶部（t），接着是底部（b），最后是浮动页（p）。

请注意，这些参数并不保证表格一定会放置在您指定的位置，因为 LaTeX 的浮动算法会根据文档的其他内容和布局来最终决定表格的位置。例如，如果页面上没有足够的空间放置表格，即使指定了 h 选项，表格也可能不会放在那里。

如果你想要更强制地控制表格位置，可以使用 float 宏包提供的 H 选项，这会把表格放在正好在文本中指定的位置，而不考虑浮动体的规则。这样做是通过 \usepackage{float} 在导言区导入宏包，然后使用 \begin{table}[H] 来实现的。但是，过度使用 H 选项可能导致页面布局不佳，所以建议谨慎使用。

ps.那个[h]一点都不好用（

3.图像

图像是比较人性化和简单的一个模块，唯一的缺点是位置选项，和那个表格一样，乱窜

图像可以直接导入到overleaf，可以从文件选择上传——

其实还有更方便的方法，那就是在电脑选择文件之后，直接ctrl+V复制到想要的位置，这种情况下不但能直接上传，而且还能在复制的位置自动生成代码，实在是非常方便！

大概长这样：

同样的道理，这里的label内容就是引用需要的标签

最符合人类习惯的一集

2.5 附加内容

除了正文，最后一般有这几块：

CRediT authorship contribution statement

Declaration of competing interest

Acknowledgments

这些内容的前缀是\section*{}

例如：

第一条贡献的话，我这里参考了官方的文档：

CRediT author statement | Elsevier

CRediT offers authors the opportunity to share an accurate and detailed description of their diverse contributions to the published work.

https://www.elsevier.com/researcher/author/policies-and-guidelines/credit-author-statement

第二个，基本上是no

第三个，看项目吧，问老师，写一下

没了

3. 投稿流程

注册登录，可以用ORCID

值得一提的是，爱思唯尔各个期刊的账号不通用，例如这次投这个刊注册了账号，下次投别的刊，需要再注册

流程还是比较清晰的：选择类型，上传文件，填写信息

右图比较坑的一点，有的期刊他给一个链接，问你有没有利益冲突，没有的话进去点一下就行了

这个期刊非得要交一个文件，然后声明利益冲突，我一直没发现，还在思考为啥有问题

后面都比较清晰了：

审稿人，没有，过

后面就是要啥写啥了，作者信息填好

这里还有一个nt的点，爱思唯尔有些期刊，他只有通讯作者才能操作！！！

也就是说我这里提交好了，如果通讯不是我，我后续就操作不了了

解决方案1：和老板要账密，用老板的号发

解决方案2：先自己作为通讯，进行联系，到最后accept的时候把通讯换为老板

在文件和信息提交到系统之后，会给通讯作者发一个邮件，表示需要通讯作者view submission，然后approve submission。之后就是正式提交了，依然是提交完，会给通讯发个邮件。

等啥时候accept了把pdf丢在这吧，当个存档

补充

常用指令

希腊字母

latex希腊字母表_latex中倒置的字母e-CSDN博客

文章浏览阅读10w+次，点赞70次，收藏200次。做成表格方便日常查看字母名称大写markdown小写markdownalphaAAα\alphabetaBBβ\betagammaΓ\Gammaγ\gammadeltaΔ\Deltaδ\deltaepsilonEEϵ\epsilonε\varepsilonzetaZZζ\zeta..._latex中倒置的字母e

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